Tây Sơn tiến đánh Gia Định

Tạm yên mặt Bắc, Tây Sơn tập trung lực lượng tiếp tục việc chinh phục phía nam. Trong gần 10 năm (từ 1776 đến 1783) quân Tây Sơn nhiều lần vào đánh chiếm Gia Định.

Bấy giờ Nguyễn Phúc Thuần ở Gia Định được Mạc Thiên Tứ giúp sức, lại có thêm hàng tướng Tây Sơn là Lý Tài, thế lực được củng cố.

Trước tình hình đó, tháng 2 năm 1776, Nguyễn Nhạc cử Nguyễn Lữ làm Tiết chế đem quân đánh Gia Định, lấy được thành Sài Côn, chúa Nguyễn không đề phòng nên đại bại, phải chạy ra Trấn Biên (tức là Biên Hòa). Nguyễn Lữ đem lương thực cướp được chở về Quy Nhơn.

Tháng 3 năm 1776, Nguyễn Nhạc cho đắp thành Trà Bàn, tự xưng Tây Sơn Vương, đúc ấn tín. Phong Nguyễn Lữ làm Thiếu phó, Nguyễn Huệ làm Long Nhương tướng quân và phong chức cho người mình.

Sau khi Tống Phúc Hiệp mất, giữa Đỗ Thanh Nhân và Lý Tài phát sinh mâu thuẫn, Lý Tài thế lực lớn mạnh, tháng 11 năm 1776, ép chúa Nguyễn nhường ngôi cho Nguyễn Phúc Dương.

Tháng 1 năm 1777, Trịnh Sâm phải phong cho Nguyễn Nhạc trấn thủ Quảng Nam tuyên úy đại sứ.

Tháng 3 năm 1777, Nguyễn Nhạc cử Nguyễn Huệ làm tướng đánh Gia Định lần thứ 2. Lý Tài thua trận, bỏ chạy khỏi thành, đưa 2 chúa Nguyễn về Hóc Môn, sau lại thua trận phải rút khỏi Hóc Môn, nhưng bị quân Tây Sơn phong tỏa nên cùng đường buộc phải mang tàn quân chạy về Ba Giòng - căn cứ quân Đông Sơn của Đỗ Thanh Nhân, và bị quân Đông Sơn tiêu diệt.

Tháng 4 năm 1777, dưới sự chỉ huy của Nguyễn Huệ, quân Tây Sơn lại đánh quân Nguyễn. Nguyễn Phúc Dương và Nguyễn Phúc Thuần bỏ trốn nhưng đều không thoát, bị bắt đem xử tử vào cuối năm 1777. Một Hoàng tôn tên là Nguyễn Ánh (Nguyễn Phúc Ánh), con trai của Nguyễn Phúc Luân, lúc đó 15 tuổi, chạy thoát ra đảo Thổ Chu.\r \r Khi cơ bản chinh phục được họ Nguyễn, tăng cường sức mạnh và uy thế, năm 1778, sau khi giết được Nguyễn Phúc Thuần và Nguyễn Phúc Dương, Nguyễn Nhạc tự xưng làm vua, lập triều đại Tây Sơn, đặt niên hiệu là Thái Đức, đóng đô tại thành Quy Nhơn (thành Đồ Bàn cũ của nước Chiêm Thành), đổi tên thành Hoàng đế thành, phong cho Nguyễn Lữ làm Tiết chế, Nguyễn Huệ là Long Nhương tướng quân, không ràng buộc với chúa Trịnh nữa.

Tấn công thế lực người Hoa Sử sách nhà Nguyễn và một số thư từ của các giáo sĩ ở Gia Định thời đó đều ghi lại việc tấn công người Hoa của Tây Sơn vào năm 1782, do những người Hoa này đã hỗ trợ cho chúa Nguyễn chống lại Tây Sơn. Việc người Hoa trợ giúp cho chúa Nguyễn khiến họ gây nên mối thù với Tây Sơn và Nguyễn Nhạc đã coi người Hoa là đối thủ chiến tranh cần phải diệt trừ. Quân Tây Sơn khi tấn công vào Cù lao Phố thì gặp phải sự chống đối mạnh của quân Hòa Nghĩa (người Hoa) ủng hộ Nguyễn Ánh tại đây khiến cho một thân tướng là Đô đốc Phạm Ngạn tử trận, binh lính thương vong nhiều, Nguyễn Nhạc nghe tin rất đau xót (Đại Nam thực lục viết: "...Nguyễn Nhạc nghe tin Ngạn chết, đau như mất hai tay"), ông cho rằng đạo quân Hòa Nghĩa toàn là quân Thanh trá hình, rồi nổi giận ra lệnh phá nát khu người Hoa ở Gia Định để trả thù.

Sách Lịch sử Gia Định – Sài Gòn trước 1802 dẫn lại từ Gia Định thành thông chí của Trịnh Hoài Đức, một viên quan người Hoa của nhà Nguyễn năm 1820, đã mô tả cuộc tấn công người Hoa ở Gia Định do Nguyễn Nhạc chỉ huy năm 1782:

"Năm 1776 khi mới tiến vào Gia Định thì quân Tây Sơn đã tàn phá Cù lao Phố, một vùng thương mại sầm uất bậc nhất xứ Đàng Trong. Họ dỡ phòng ốc gạch, ngói đem hết về Quy Nhơn khiến dân cư bỏ chạy lưu tán khắp nơi. Năm 1778 khi chúa Nguyễn đã giành lại được Cù lao Phố thì kiểm điểm lại, dân cư còn chưa tới 1% lúc trước". "Từ Bến Nghé tới Sài Gòn xác chết ngổn ngang, vứt cả xuống sông, nước không chảy được, hai ba tháng sau dân cũng không dám ăn tôm, cá... mọi người đều khổ sở". Sách Lịch sử nội chiến ở Việt Nam từ 1771 đến 1802 của Tạ Chí Đại Trường trích dẫn từ Đại Nam thực lục, Đại Nam liệt truyện và thư của các linh mục có mặt ở Gia Định lúc đó miêu tả vụ phá hủy khu người Hoa ở Chợ Lớn năm 1782 của Nguyễn Nhạc:

"Người Trung Hoa, bất luận binh lính hay dân buôn, mới đến hay ở lâu, đều bị bắt giết, thây chất ngổn ngang vất đầy sông ngòi, đến nỗi nước ấy không chảy, cả tháng hơn người ta không ai dám ăn tôm cá, uống nước sông. (...) Những ai có hàng Trung Hoa trong nhà như vải, lụa, trà thuốc, hương giấy... đều vứt cả ra đường mà không người dám lượm. Andre Tôn (thư ngày 1/7/1784) nói có từ 10.000 đến 12.000 người chết.