Nhà Mạc bị đánh bại hoàn toàn

Dù Mạc Mậu Hợp và sau đó là Mạc Toàn bị bắt và bị giết thì thế lực của nhà Mạc chưa bị tiêu diệt hết. Theo Đại Việt sử ký toàn thư, cho đến đầu thế kỷ 17 thì các vùng như Thái Nguyên, Lạng Sơn, Cao Bằng vẫn thuộc quyền quản lý của nhiều người như Mạc Kính Chỉ, Mạc Kính Cung, Mạc Kính Khoan là thân thuộc của nhà Mạc (thuộc chi Mạc Kính Điển). Tại các khu vực này, chiến trận vẫn tiếp diễn trong nhiều năm và nhân dân vẫn tiếp tục chịu cảnh lầm than, đồng ruộng bị bỏ hoang. Điều này đã được phản ánh chi tiết qua câu ca dao:
(di tích thành nhà Mạc ở Lạng Sơn)
Cát cứ Cao Bằng
Dù Mạc Mậu Hợp và sau đó là Mạc Toàn bị bắt và bị giết thì thế lực của nhà Mạc chưa bị tiêu diệt hết. Theo Đại Việt sử ký toàn thư, cho đến đầu thế kỷ 17 thì các vùng như Thái Nguyên, Lạng Sơn, Cao Bằng vẫn thuộc quyền quản lý của nhiều người như Mạc Kính Chỉ, Mạc Kính Cung, Mạc Kính Khoan là thân thuộc của nhà Mạc (thuộc chi Mạc Kính Điển). Tại các khu vực này, chiến trận vẫn tiếp diễn trong nhiều năm và nhân dân vẫn tiếp tục chịu cảnh lầm than, đồng ruộng bị bỏ hoang. Điều này đã được phản ánh chi tiết qua câu ca dao:
"Con cò lặn lội bờ sông, Gánh gạo theo chồng tiếng khóc nỉ non. Nàng về nuôi cái cùng con, Để anh đi trẩy nước non Cao Bằng".
Nhà Minh, vì muốn duy trì thế Nam – Bắc triều ở Việt Nam có lợi cho họ nên can thiệp để họ Mạc được cát cứ ở Cao Bằng. Khi nhà Minh mất (1644), các vua Nam Minh – tàn dư nhà Minh – vẫn ủng hộ họ Mạc. Họ Mạc nối nhau trấn giữ ở đây trong nhiều năm, đến con Kính Khoan là Kính Vũ. Mãi đến khi nhà Minh mất hẳn (1662) về tay nhà Thanh, họ Trịnh mới ra tay dẹp họ Mạc. Tới năm 1677, việc trấn giữ Cao Bằng của họ Mạc mới chấm dứt. Dư đảng họ Mạc đứng đầu là Mạc Kính Hẻ rồi Mạc Kính Quang rút chạy sang Long Châu - Trung Quốc, vẫn tiếp tục xua quân về quấy rối miền biên cảnh khiến vua Lê chúa Trịnh không thể yên được. Năm 1683, quân Lê Trịnh mở cuộc tấn công quyết định, quân Mạc tan vỡ hoàn toàn, Mạc Kính Quang lưu vong sang Miến Điện cùng đường phải tự sát.
Tàn dư
Năm 1683, Lê Hải trấn thủ Cao Bằng, dụ được đồ đảng họ Mạc là Nguyễn Công Hồi đem hơn một ngàn bộ thuộc đến trấn đầu hàng. Triều đình phong cho Hồi tước hiệu quận công và thăng thưởng cho Hải chức đề đốc, cùng năm đó nhà Thanh trao trả tù binh họ Mạc vừa lớn vừa nhỏ là 350 người, đứng đầu là Mạc Kính Liêu. Triều đình sai người kiểm điểm xét duyệt, rồi phân phối đưa đi cho được yên phận ở xen vào với dân Lạng Sơn, còn bọn Kính Liêu cả thảy 124 người thì dẫn giải về triều dâng ở dưới cửa cung khuyết. Nhà vua ngự điện Kiền Nguyên nhận tù binh, sau lại dẫn đến sân phủ chúa để chịu tội, bọn này đều được tha. Bọn Kính Liêu ba người được triều đình trao cho quan chức, ngoài ra đều phân phối đi các nơi để được yên phận ở xen vào với dân bản xứ, hằng năm giúp đỡ cho vải và tiền.
Năm 1692, dư đảng họ Mạc là Hán đường công Mạc Kính Chư trước trốn chạy sang Long Châu, nay ngầm cấu kết với thổ ty nhà Thanh dòm ngó biên giới. Ngô Sách Tuân lúc đó giữ chức đốc trấn Cao Bằng sai thuộc hạ trong trấn là Bế Công Quỳnh giao kết thân mật với thổ quan Long Châu, bắt được Hán đường công của quân Mạc cùng đô đốc Đinh Công Đĩnh và đồ đảng đưa về kinh sư giết đi.
