Chiến tranh Nguyễn Ánh - Tây Sơn

Năm Nhâm Tý (1792) vua Quang Trung qua đời, con là Quang Toản lên ngôi mới 10 tuổi, vì thế Vương nghiệp triều Tây Sơn nhanh chóng rơi vào suy vong. Quang Toản lên ngôi vua, dùng cậu là Bùi Đắc Tuyên làm thái sư giám quốc trông coi mọi việc trong ngoài. Vì Quang Toản còn nhỏ quá, Bùi Đắc Tuyên ngày càng chuyên quyền nên trong ngoài đều oán, đại thần trong triều ngoài trấn nghi kỵ lẫn nhau. Nguyễn Ánh còn dò biết được mâu thuẫn giữ Nguyễn Nhạc và Quang Toản nên rất quyết tâm đánh Tây Sơn.

Ðược tin vua Quang Trung băng hà, Nguyễn Ánh rất vui mừng, ông đẩy mạnh việc chuẩn bị đánh Tây Sơn. Dưới trướng Nguyễn Vương lúc bấy giờ có nhiều quan chức người nước ngoài như Dayot (Ông Trí), Philippe Vannier (Ông Chấn), Guilloux, Laurent Barisy (Ông Mân), De Forcant (Ông Lăng), Jean Baptiste Chaigneau, Olivier de Puymanel (Ông Tín), Theodore Lebuen. Những quan chức nầy là những cố vấn kỹ thuật cho Nguyễn Vương trong lãnh vực quân sự, vũ khí, đấp thành, v.v...

Năm Nhâm tý (1792) chúa Nguyễn tự thân đi đánh Quy Nhơn nhưng cũng không thành công.

Từ đấy hằng năm cứ đến mùa gió nồm, Nguyễn Phúc Ánh cho quân tiến ra đánh các tỉnh miền Trung, khi gió bấc nổi lên ông lại rút quân về Gia Định. Dân chúng vùng Thuận - Quảng (miền Trung ngày nay), sau nhiều năm mệt mỏi bởi chiến sự liên tục, nay lại thấy vua Quang Trung mất đột ngột, nhà Tây Sơn bị lục đục nội bộ nên cũng mâu thuẫn trong việc nên ủng hộ Nguyễn Ánh hay Tây Sơn. Một số quay sang ủng hộ Nguyễn Ánh, trong dân gian lưu truyền một câu ca dao lục bát: "Lạy trời cho cả gió nồm,/Để cho chúa Nguyễn kéo buồm thẳng ra". Số khác thì vẫn ủng hộ nhà Tây Sơn, thể hiện qua câu ca dao: "Lạy trời cho cả gió lên,/Cho cờ vua Định phất trên kinh thành" (Định ở đây là Bình Định, nơi phát tích nhà Tây Sơn, và kinh thành ở đây là Phú Xuân - Huế). Việc tồn tại 2 câu ca dao trái ngược nhau cho thấy lòng dân khi đó khá mâu thuẫn về việc nên ủng hộ bên nào

Chiến dịch gió mùa đầu tiên, trong năm 1792, đưa đến một sự triệt hạ gần như hoàn toàn hải quân của Tây Sơn tại Thị Nại, hải cảng ở Quy Nhơn. Tại đó người anh của Hoàng Đế, Nguyễn Nhạc, đã thả neo một hạm đội các chiến thuyền vừa mới xây dựng xong để chuẩn bị cho một cuộc đánh xuống miền nam. Khi tin tức về chiến dịch chủ định của họ đến tai Nguyễn Phúc Ánh, ông đã phát động một cuộc viễn chinh của chính mình dưới sự chỉ huy của hai người Pháp. Với chiều gió thuận lợi cho nó, lực lượng này đã mau chóng tiến tới cửa Thị Nại, nhận thấy các chiến thuyền Tây Sơn đậu kín tại hải cảng, và đã tiến vào bến tàu, nơi binh sĩ tức thì đổ bộ và chiếm giữ các đồn lũy. Viên tướng Tây Sơn và lực lượng của ông ta đã bỏ chạy, để lại đằng sau các chiến thuyền và vũ khí của mình. Trong số các thuyền tham dự trận đánh này có 40 chiếc thuyền hải tặc được tuyển mộ bởi Hoàng Đế Quang Trung. Ba trong số các thuyền này bị bắt giữ bởi phe chúa Nguyễn, cùng với 75 chiến thuyền khác từ hạm đội mới của Nguyễn Nhạc.

Chiến thuật này đã nhanh chóng làm suy yếu Tây Sơn bởi đánh vào các điểm yếu của đội quân này là hậu cần, khả năng tác chiến trên toàn lãnh thổ Việt Nam, duy trì mạng lưới thủy quân dọc theo duyên hải miền trung và điều phối giữ quân thủy bộ, cuối cùng dẫn đến trận Thị Nại 1801 làm thay đổi tương quan lực lượng hai bên có lợi cho Nguyễn Ánh.

Cuộc thất trận tệ hại nhất vẫn chưa xảy ra. Trong tháng Bảy, các lực lượng phe chúa Nguyễn, sau khi giành được lối tiếp cận với tòa thành, trận hạ thành Quy Nhơn đã chinh phục được thành Hoàng Đế và phủ Quy Nhơn, nơi họ đặt tên lại là Bình Định. Họ ở lại đó cho đến tháng 11 năm 1799, khi mà sự từ trần của vị cố vấn quân sự từ lâu của Nguyễn Phúc Ánh, đức giám mục Adran, Pigneau de Behaine, đã buộc họ phải gửi lực lượng chủ yếu về lại miền nam. Một hạm đội dưới quyền Tổng Binh Võ Tánh đã được lưu lại phòng vệ hải cảng ở đó, cửa Thị Nại, để chống lại hải tặc Tây Sơn.

Bình Định ở vị trí lẻ loi khó tiếp viện, nên mùa thu năm đó quân Tây Sơn vây thành và chận đường tiếp viện phía nam. Nhờ Võ Tánh giỏi cố thủ nên thành không bị mất. Năm Canh Thân (1800) chúa Nguyễn tự thân đi cứu viện đánh nhau nhiều phen với quân Tây Sơn nhưng không giải được vây.

Chúa Nguyễn lấy lại Phú Xuân và xưng Đế

Từ năm 1800, triều sóng chiến trận đã từ từ trở nên bất lợi cho phía Tây Sơn. Lần đầu tiên Nguyễn Phúc Ánh, thay vì trở về miền nam, đã ở lại Quy Nhơn, khi đó đang dưới sự bao vây. Sau gần một năm không có các kết quả quyết định, ông ta lựa chọn việc chuyển hướng tấn công vào Phú Xuân.

Từ ngày giữ chức Đại nguyên soái đến lúc này trải qua 25 năm, Nguyễn Ánh được 40 tuổi, nhiều phen ông vào sinh ra tử mới thu phục lại được Kinh đô cũ.

Ðến tháng 4 năm Nhâm Tuất (1802), Đức Thế Tổ Nguyễn Phúc Ánh cho sửa chữa Hoàng Thành, qua ngày mồng một tháng 5 cho lập đàn ở xã An ninh (nay là Kim Long, Hương Trà, Thừa Thiên) hiệp tế trời đất về việc đặt niên hiệu, hôm sau ngày mồng hai tháng 5 (1.6.1802) vua ngự ở điện nhận lễ triều hạ, đặt niên hiệu Gia Long, ban lệnh đại xá khắp nước. Sau đó cho dựng Thái Miếu ở bên trái Hoàng Thành. Lên Ngôi Hoàng đế rồi, ngài sai Trịnh Hoài Ðức, Ngô Nhân Tĩnh đem phẩm vật và những ấn sách của nhà Thanh đã phong cho Tây Sơn, sang nạp cho Thiên Triều và xin cho mình làm An Nam Quốc Vương thay thế Tây Sơn.

Đoàn sứ thần của vua Gia Long đi trên 2 thuyền Bạch Yến và Hoàng Hạc vượt biển tới cửa Hổ Môn thuộc Quảng Đông đem theo cả bọn hải tặc Tây Sơn để nộp. Tổng đốc nhà Thanh là Ái Tân Cát Khánh đem việc này chuyển lên Gia Khánh. Gia Khánh vốn ghét Tây Sơn, chiêu nạp bọn Mạc Quan Phù cho cướp bóc, đã lâu ngăn trở ở ngoài biển, nay được tin báo nên rất vui lòng, khoản đãi sứ thần rất hậu và đưa các tướng lãnh hải tặc Tây Sơn ra giết hết.